Roman Barve svobode nadaljuje zgodbo mlade Rozalije, ki ob koncu prvega dela pristane v zaporu za deset let zaradi opravljanja zdravniškega poklica brez diplome. Diplome ji niso, kljub opravljenim izpitom in nadpovprečnim rezultatom, podelili, ker je bila ženska.
Že v prvih dneh v zaporu, jo skušajo prvič posiliti, vendar se uspe uspešno obraniti. Tudi v zaporu na gradu ne opusti svojega poslanstva zdravnice in skuša pomagati sojetnicam in sojetnikom.
Njen pravi stric, polkovnik Žiga Josip Novak, in njena družina slišijo za obsodbo in se začnejo boriti za njeno pravico do svobode in boljše pogoje. Premestijo jo boljše prostore in ji namenijo službo učiteljice v ljubljanski trivialki. Na prošnjo njenih staršev zaradi vnetega slepiča uspešno operira deklico Ana Marijo. Na poti z obiska pri njej, jo ugrabi Andrej Trdina, njen znanec z bojišča, kjer je pred obsodbo delala kot kirurginja in pomagala vojakom. Ker se ne vrne na grad, jo po nekaj dneh začnejo iskati in ji grozi ponovni zapor. Iščejo jo tudi njen nekdanji ljubimec Jožef, oče deklice Anamarije, in stari Gričar, ki ga mučijo hude bolečine in težave s prostato. Ko se srečata, mu je pripravljena pomagati, a postavi pogoj, da Gričar pove resnico, da ni ubila brata Štefana in da je ubil njeno krušno mater Antonijo.
Nekaj časa se skriva pri sestri Emilii, a jo kmalu izsledijo in spet odpeljejo v zapor, kjer jo pričaka nov upravnik in jo spet pošlje v ječo. Ponoči jo spet napadejo in tokrat tudi posilijo, Rozalija pa pri tem smrtno rani svojega posiljevalca in utrpi hude poškodbe. Kmalu se sooči z dejstvom, da je noseča.

